W zwieńczeniu filmowej trylogii „X-Men” wynalezienie lekarstwa odwracającego proces mutowania prowadzi do odwrócenia biegu historii. Po raz pierwszy mutanty stają przed wyborem: zachować swą unikalność, co oznacza skazanie się na wieczną izolację i alienację, czy też wyrzec się pozyskanej w wyniku mutacji mocy.

Przeciwstawne punkty widzenia przywódców mutantów – Charlesa Xaviera, który naucza tolerancji, i Erika Lehnsherra (Magneto), który wierzy w przetrwanie najsilniejszych, zostają poddane ostatecznej próbie – dochodzi do wojny, która ma rozstrzygnąć wszelkie spory.